Als Markus Frei zehn Jahre alt war, nahm er erstmals Klavierunterricht. Nach dem Gymnasium studierte er Klavier, Komposition und Arrangement an der Swiss Jazz School in Bern. Eher zufällig kam er Mitte der Neunzigerjahre zur Gospelmusik. Seither trat der Musiker mit zahlreichen Künstlern und Interpreten dieses Genres in verschiedensten Formationen auf, unter anderen mit Andrae Crouch, Kim Franklin, Junior Robinson und Wayne Ellington. Auch wirkte er bei zahlreichen CD-Produktionen als Pianist, Keyboarder und MIDI-Programmierer mit, darunter bei zwei Live-Alben für das Projekt «Gospel News». Zudem war er Mitglied verschiedener Pop- und Soulbands unter anderen bei Rhonda Dorsey, Luana und Recha-Maria.

Zurzeit spielt Markus Frei in der Band der Berner Sängerin Jackie Leuenberger und dem Modern Gospelchor Shelomith. Des Weiteren arbeitet er in Bern als Musiker und als Projektleiter für die Schweizer Heilsarmee im Bereich «Music & Gospel Arts».