Jan Vágner studierte Bildhauerei an der Akademie der bildenden Künste in seiner Heimatstadt Prag. Nachdem er 1991 für ein Semester die Fachhochschule Kiel besucht hatte, schloss er anschliessend erfolgreich sein Studium mit der Diplomarbeit an der Akademie der bildenden Künste in Prag ab. Seitdem nahm Jan Vágner an verschiedenen Ausstellungen, Symposien und Kunstprojekten in Tschechien, Holland, Belgien, Deutschland, Kanada, Österreich, Mexiko und der Schweiz teil. In der Schweiz arbeitet er zu sechzig Prozent für die plastische Abteilung des Opernhauses Zürich und realisierte weitere Projekte für die Expo 02, das Burbaki-Museum Luzern, das Schweizer Fernsehen, die Bregenzer Festspiele 2011 und für weitere diverse Theater und Filme.